Di Linux dan Unix segala sesuatu adalah berkas. Direktori adalah berkas, berkas adalah berkas, dan peranti juga merupakan berkas. Peranti yang seringkali dirujuk sebagai node; tetap saja, mereka dianggap sebagai berkas.
Sistem berkas di Linux dan Unix diorganisasikan secara hirarki, seperti struktur pohon. Level tertinggi dari sistem berkas adalah direktori root atau /. Semua berkas dan direktori yang lain berada dibawah direktori root. Sebagai contoh, /home/jebediah/cheeses.odt menunjukkan path penuh ke berkas cheeses.odt yang berada di direktori jebediah, yang juga berada dibawah direktori home, dan semuanya berada dibawah direktori root (/).
Dibawah direktori root (/) terdapat sejumlah direktori-direktori penting yang ada dalam distribusi Linux lainnya. Berikut ini adalah daftar direktori-direktori yang berada langsung dibawah direktori (/):
/bin - lokasi perintah penting, yang biasanya adalah aplikasi biner, tetapi bisa juga skrip shell
/boot - berkas konfigurasi boot, kernel, dan berkas lain yang dibutuhkan ketika sistem booting
/dev - berkas peranti (device)
/etc - berkas konfigurasi, skrip startup, dll (etc).
/home - direktori pangkal (home) bagi masing-masing pengguna
/initrd - digunakan untuk meng-customize initial RAM Disk
/lib - libraries yang diperlukan oleh sistem
/lost+found - menyediakan sistem lost+found untuk berkas yang berada dibawah direktori root (/)
/media - lokasi me-mount removable media secara otomatis seperti CD, kamera digital, dll.
/mnt - mounted sistem berkas secara manual pada harddisk
/opt - lokasi untuk instalasi aplikasi dari pihak ketiga (optional); aplikasi ini biasanya di-compile secara statik dan dapat digunakan pada distro Linux lainnya
/proc - direktori dinamis khusus yang menangani informasi mengenai kondisi sistem, termasuk proses-proses (processes) yang sedang berjalan
/root - direktori pangkal (home) bagi pengguna root, diucapkan "slash-root".
/sbin - sistem biner dan skrip penting, biasanya untuk dijalankan oleh pengguna root
/srv - dapat berisi berkas yang served (melayani) sistem lain.
/sys - mirip dengan sistem berkas /proc tetapi memuat informasi system yang tidak berhubungan dengan proses yang berjalan
/tmp - berkas sementara (temporary)
/usr - lokasi untuk aplikasi dan berkas read-only yang biasanya tersedia untuk diakses oleh seluruh users
/var - berkas variabel seperti log dan database